Džamija je minirana 16. jula 1995. godine, pet dana nakon što je Vojska Republike Srpske, pod komandom Ratka Mladića, ušla u Srebrenicu do tada zonu zaštićenu od strane Ujedinjenih nacija. U tim danima počinjen je genocid u kojem je u masovnim ubistvima ubijeno oko 8.000, uglavnom muškaraca, između 12 i 77 godina.
Ruševine su stajale na istom mjestu sve do 1997. godine, kada su u julu iste godine, odlukom tadašnje Vlade Republike Srpske i Opštine Srebrenica, donesene instrukcije o uklanjanju ostataka Čaršijske džamije i ostalih objekata, među kojima su porušeni objekati zanatskog centra.
Prije rata u Srebrenici su bile četiri gradske džamije, a na području opštine još 19 džamija.
Svi vjerski objekti na području opštine Srebrenica porušeni su tokom i nakon rata, od 1992- do 1995 godine.
„Na području opštine Srebrenica ranije su bila 23 vjerska objekta i svi su porušeni. Uspjeli smo da renoviramo skoro sve porušene džamije. Završavamo objekte u Poznanovićima i Klotjevcu i imamo namjeru da i u rudarskom naselju Sase renoviramo džamiju“, napominje Hasanović.
Glavni imam Medžlisa Islamske zajednice Srebrenica Damir efendija Peštalić u razgovoru za RSE navodi da je ovo prvi slučaj da su pronađeni ostaci jednog vjerskog objekta u tom gradu.
„Tokom ratnih dejstava u opštini Srebrenica porušene su sve džamije. Ruševni materijal je odvezen na nepoznate lokacije, a ovo je prvi put da smo uspjeli da pronađemo ostatke nekog vjerskog objekta. Imamo namjeru da otkopamo kompletnu lokaciju i izdvojimo dijelove gradske džamije. Ono što pronađemo, a što je bilo značajno, konzerviraćemo i najvjerovatnije uraditi muzejsku postavku koja bi bila u sklopu kompleksa Memorijalnog centra Potočari“, rekao je Peštalić.
On kaže kako će medžlis islamske zajednice u Srebrenici pokušati u ruševinama pronaći dijelove džamije, koje će sačuvati i zaštiti.
Radovi na izgradnji parkinga trenutno su obustavljeni, potvrdio je načelnik za urbanizam u opštini Srebrenica Bojan Josipović.
„Opština Srebrenica donijela je odluku da se na ovom prostoru izgradi garaža i parking. Prilikom čišćenja terena primjetili smo ostatke nekog objekta i ispostavilo se da je tu deponovan materijal od porušene džamije. Obustavili smo sve radove dok se ne odluči šta dalje“, rekao je Josipović.
U Bosni i Hercegovini je do 1992. godine bilo 1.144 džamije.
Od toga je za vrijeme rata (1992-1995.) srušeno 613 džamija, 218 mesdžida, 69 mekteba, četiri tekije, 37 turbeta i 405 drugih vakufskih objekata.
Na teritoriji pod kontrolom Vojske Republike Srpske i ostalih paravojnih srpskih snaga srušene su 534 džamije, a na teritoriji koju je kontrolisalo Hrvatsko vijeće odbrane 80 džamija.