Radovan Karadžić se teretio po dvije tačke za genocid, po pet tačaka za zločine protiv čovječnosti i po četiri tačke za kršenja zakona i običaja ratovanja koje su počinile srpske snage tokom oružanog sukoba u Bosni i Hercegovini (dalje u tekstu: BiH) od 1992. do 1995.
Pretresno vijeće III MKSJ-a je 24. marta 2016. proglasilo Karadžića krivim za genocid na području Srebrenice 1995. godine i za progon, istrebljivanje, ubistvo, deportaciju, nehumana djela (prisilno premještanje), terorisanje, protivpravne napade na civile i uzimanje talaca. Oslobođen je krivice po optužbi za genocid u drugim opštinama u BiH.
Pretresno Vijeće je zaključilo da je Karadžić počinio te zločine putem učešća u četiri UZP-a: (i) u UZP-u s ciljem da se bosanski Muslimani i bosanski Hrvati trajno uklone s područja u Bosni i Hercegovini na koja su bosanski Srbi polagali pravo, i to činjenjem zločina u opštinama širom BiH; (ii) u UZP-u čiji je cilj bio širenje terora među civilnim stanovništvom Sarajeva provođenjem kampanje snajperskog djelovanja i granatiranja civilnog stanovništva; (iii) u UZP-u sa zajedničkim ciljem da se pripadnici UN-a uzmu za taoce kako bi se NATO prisilio da se uzdrži od vazdušnih napada na vojne ciljeve bosanskih Srba; i (iv) u UZP-u eliminisanja bosanskih Muslimana iz Srebrenice u julu 1995. godine.
Pretresno vijeće je Karadžiću izreklo kaznu od 40 godina zatvora.
Nakon izricanja presude Pretresnog vijeća, i u skladu s članom 2 Prelaznih odredbi Mehanizma, Mehanizam je preuzeo nadležnost u žalbenom postupku u predmetu Tužilac protiv Radovana Karadžića. I Karadžić i Tužilaštvo su se žalili na presudu Pretresnog vijeća i podnijeli najave žalbe 22. jula 2016., žalbene podneske 5. decembra 2016., podneske respondenta 15. marta 2017., a replike na podneske respondenta 6. aprila 2017. Žalbeni pretres održan je 23. i 24. aprila 2018. u ogranku Mehanizma u Haagu.
Prvobitna optužnica protiv Karadžića potvrđena je 25. jula 1995.
Uhapšen je u Srbiji 21. jula 2008., i prebačen na MKSJ 30. jula 2008. Suđenje je počelo 26. oktobra 2009. i tokom njega je Pretresno vijeće saslušalo svjedočenje 586 svjedoka u sudnici, prenosi Avaz.ba.