Ostaci Aladža džamije pronađeni su 2004. godine na dvije lokacije kod Željeznog mosta na obali Drine, u blizini fočanskog KPD-a. Među njima su bili i skeletni ostaci jednog broja žrtava rata te velike količine smeća.
Šta je nađeno
Uz podršku iz Specijalnog fonda ambasadora SAD za naslijeđe američke vlade, vađenje, sortiranje i zaštita fragmenata trajali su i u decembru 2006. i januaru 2007., a na obali Drine pronađeni su stepenik munare, dio ploče iznad ulaza u džamiju, fragmenti njenih unutrašnjih dekoracija, kao i kamen iz njenih minama raznesenih zidova. U novembru 2006. sagrađena je nadstrešnica pod koju su smješteni pronađeni dijelovi objekta.
Zaštićeni temelji
U julu 2006. godine tadašnji fočanski imam Asim ef. Karović s članovima Komisije za očuvanje nacionalnih spomenika BiH i grupom džematlija, dovom na temeljima Aladža džamije označio je početak njene obnove. Tada je bilo snage tek da temelji i sačuvani mezari budu očišćeni od korova. U narednim danima pridružili im se i studenti iz Sarajeva. Zaštićeni su i temelji objekta.
Foču su posjetili američki i francuski ambasadori, tadašnji visoki predstavnik Pedi Ešdaun (Paddy Ashdown) te brojni drugi međunarodni zvaničnici. Fragmenti su godinama čuvani, a Islamska zajednica i vjernici bili uporni u traženju načina da se Aladža obnovi.
U avgustu 2013. klanjan je i prvi teravih-namaz na temeljima Aladže nakon rata.
Finansiranje je preuzela Direkcija vakufa Turske, za generalnog izvođača radova izabrana je turska kompanija „Sama Insaat“, dok su građevinsko-zanatski radovi povjereni preduzeću „GD Bišina“ iz Mostara.
Nakon pripreme temelja, prvi kamen u zid Aladže u decembru 2014. ugradili su reisu-l-ulema Husein ef. Kavazović, bivši i sadašnji muftija goraždanski Hamed ef. Efendić i Remzija ef. Pitić te direktor Vakufske direkcije BiH Senaid Zajimović.
Aladža je počela izrastati iz pepela, a s njom i želja i nada da će se Fočaci više početi vraćati u rodni kraj.
2013. IZBiH proglasila godinom obnove Aladže , a 2014. ozvaničen početak rekonstrukcije Aladže