Napadači su ušli u školu u okrugu Kagara oko 14 sati, rekli su lokalni stanovnici.
Glasnogovornica je kazala kako je otet velik broj učenika, no nije otkrila koliko, niti se zna tko su napadači.
Predsjednik Muhammadu Buhari osudio je napad i na teren poslao sigurnosne čelnike kako bi koordinirali operaciju spašavanja otetih učenika.
Na sjeveru Nigerije je aktivna islamistička skupina Boko Haram, no otmice provode i druge naoružane skupine, većinom radi otkupnine.
Novi napad događa se dva mjeseca nakon što su napadači napali školu u sjeverozapadnoj saveznoj državi Katsini i oteli gotovo 350 dječaka, kasnije oslobođenih.
Oko stotinu od sveukupno 270 učenica kojih je Boko Haram oteo 2014. u gradu Chiboku i dalje su u zatočeništvu.
Takvi napadi potiču zabrinutost o sve raširenijem nasilju islamističkih pobunjenika i naoružanih skupina, što jača kritike protiv Buharijevog upravljanja nacionalnom sigurnosti.
Predsjednik najmnogoljudnije afričke države u siječnju je imenovao novi vojni vrh.